第二天，扫平了城内道路上的障碍物后，兽潮终于围住了学院，发动了全面的进攻，一时间，好几处围墙倒塌，如果不是黄巾力士可以马上修复的话，情况就遭糕了。
兽潮有数量近百万，攻势无穷无尽，到夜晚时，因为地底兽类几乎全部都有夜视力，人类一方陷入弱势，很快就十多处地方出现了险情，陈子宁只得祭出日月山河鼎，以内部的先天火元聚灵阵，倾倒出无数火焰，逼退了兽潮，不过陈子宁这段时间储藏的火元也用尽了，这样的手段短时间内只能用一次。
随后的两天里，陈子宁将这里变成了一个试验场，将晋升返虚后掌握的各种神通手段尽数施展了一遍，特别是攻击范围最广的乾清五雷正法，一道道厚土神雷从地底冒出，将兽潮炸得片甲不留。
不过，个人的力量终究有限，到第五天上，最后一头踏云兽不得不解开了封印，开始渡劫，为所有的人争取了一天的时间。
到第六天，已经有四万八千人通过传送离开了长风学院，再加上伤亡，此时还留在学院里的人不足四万，还要五天时间才能够用，陈子宁实力飞涨后，打开了太虚殿的第四重，里面收藏的都是灵丹与灵核，在拿出了许多恢复真气的灵丹后，城卫军少了打坐的时间，这样一来，人数虽然少了，防守的力量并未见弱。
撤到后山的第七天，哪怕陈子宁全力维持，围墙终于岌岌可危，不仅伤亡很大，许多数日激战，得不到休息，真气开始枯竭，见到这般情况，众人准备撤往后山，陈子宁拿出了自己最后的一张底牌——十二面天罡伏魔旗。
在祭出旗门阵后，兽潮措手不及，被阵势之力困住，众人成功撤到了学院的后山之上，三十六面完整的天罡伏魔旗门阵，并不比大衍旗门阵和混天火云阵差，只是限时间的材料，陈子宁只炼制出十二面旗门，组合起来也相当于人级阵法了，优点是可大可小，可攻可守，长风学院的闭关塔本来就是属于禁地，位于后山的山腰，地势力易守难攻。
三万人躲在了旗门阵后面，结合阵势之力进行反击，再加上万剑归宗阵图的攻守合一，终于守稳了后山。
第十一天，除了在战斗中身亡的人外，两万七千多名城卫军，包括孟雪、俞小玲、陈广武和陈道洪等人都已经被传送走，只剩下最后一批总共四十一个人，还在闭关塔外面，倚靠着旗门阵坚守。
四十一人分别是太华宗的叶展鸿、怀静和司马修，驯兽师公会的周益清，至尊宝拍卖场的戚鸿宝，仙霞宗的闻胜，逍遥宗的牧天涯，四海楼的余血厉，水云间的彭华，狮鹫佣兵团的江霖，岳家的岳伟和清阳郡总督何元通。
清华城湮灭之后，根据季氏的意思，将以浒阳城为郡府，不过兽潮在占据清华城后，有可能再向其它方向扩散，等待这位总督的依旧是一个乱局。
还有就是明月宗的四名长老，长风学院的燕好古、古通辉、宇文祥、天机长老、叶玄和七名武尊级的长老。
陈家则有陈广鸣、陈子宁、龙儿、宝儿、田苏、四具铜尸和四具铁尸，这些人都有武尊级或以上的实力，在万剑归宗阵图和天罡伏魔旗门阵的防护下，各出绝招，挡住了魔道强者和兽潮最后的进攻。
龙儿站在闭关塔的塔顶，全力摧动万剑归宗阵图，与数名魔道强者和数十头高阶灵禽战在一起，陈子宁与宝儿各守一边，也驱使着天罡伏魔旗门阵和炼兽典，击退了一波又一波的兽潮，见上一批被传送的时间已经过了数十息，传送阵六百多处阵眼的灵核亮了起来，陈子宁赶紧道：“诸位，请快些进入传送阵。”
燕好古道：“子宁，这个传送阵既然不怕落入他们的手中，何不一起走？你们三人断后，还要冲出他们的包围圈，太危险了！”
陈子宁笑道：“院长不必担心，我自有考虑，不会冒险的。”
见陈子宁这般自信，其他人也不再劝说，进入传送阵后，陈子宁启动了阵势，随着光芒一闪，三十八人消失在面前。
陈子宁之所以与两个徒弟留下断后，却是有诸多的考虑，在传送时，四十个必须挤在一起，而且为了不干扰阵势的运转，要求收敛气息，等于没有还手之力，就算陈子宁舍得天罡伏魔旗门阵不要，没了他的主持，这个旗门阵最多能守住五息左右，而传送时有可能长达五息以上，一旦魔道中强者闯了进来，他们最后这一批人，可能根本走不了。
虽然这传送阵落到其他人的手中，没有其它传送阵的开放，等于没用，但布设的方法被魔道的阵道宗师看到了，有可能会破解出来，陈子宁不愿冒这个险，便需废掉这座传送阵。
至于突围，陈子宁倒有十足的把握，他晋升返虚期后，土遁术已经大成，而且对碎光升龙剑诀的掌握已经登堂入室，施展人剑合一后，一遁千里，就算是武圣级的人物，也别想追上，除非是运用解体大法之类极伤元气的功法。
将最后一批人传送走了后，陈子宁取出阵眼中还有灵力的灵核，又用雷法将传送阵炸废，待龙儿和宝儿进入仙府后，陈子宁收了天罡伏魔旗门阵，同时撒出了数百张爆炎符，在魔道众人还未弄清是怎么回事时，脚下一顿，便钻入土中，向学院外遁去。
没了其他人的拖累，以陈子宁和天蜈分身的实力足以将此时的清华城闹个天翻地覆，除了曹品诺、周云翔和冥兽王等强者之外，其他的人或兽要杀要剐都是一念之间的事，只是陈子宁不愿将魔道盟的火力吸引到千岛湖去，这才作罢，虽然《诛魔盟约》中规定了在面对魔道势力时，一方有难，八方支援，但这只是一纸空文，清华城危难的时候，伸出了援手的也只是与长风学院交好的势力。
清华城一战后，因为一直有后备力量补充，所以城卫军的编制始终保持着八万之数，这些士兵都是百战余生下来的老兵，堪称精锐，抵达千岛湖后，除了一千名归到长风岛的名下，作为常驻兵力外，还有两万多名临时征召的人离开了军营，其他的人则留了下来，进入玄武军和七座城镇的城卫军。